Du kan lägga in kommentarer i Velocity-filer för att låta IntelliJ förstå vilken typ de har och därmed få completion etc.
En dylik kommentar ser ut så här:
#* @vtlvariable name="fields" type="java.util.List<example.MyClass.MyInnerClass>" *#
Se: http://www.jetbrains.com/idea/features/freemarker_velocity.html